1997 und 2000 nahm die Johannesgemeinde an “ProChrist” teil, einer per Satellit vernetzten Veranstaltung, die Christen verschiedener Kirchen und Gemeinschaften in vielen hundert Orten in Deutschland und Europa verband mit dem Ziel, gemeinsam für den Glauben an Jesus Christus zu werben.

1999 wurde der Gemeindeverein Johanneskirche e. V. zur Förderung der Jugendarbeit gegründet.

2002 beschloß der Kirchenvorstand die Beschaffung einer neuen Orgel mit 18 Registern und Schwellwerk. Den Auftrag im Wert von 278.600 € erhielt die renommierte Orgel-Manufaktur Mühleisen aus Straßburg.

Am 1. Advent 2004 wurde zum 40-jährigen Kirchenjubiläum die neue Orgel eingeweiht.